Biyokömür gözenekli bir yapıya sahiptir, gram başına düşen yüzey alanı ortalama 500g/m²’dir. Kolay nem tutar ve nemi bırakmaz, kendi ağırlığının 6 katı kadar su tutabilir. Toprağın su geçirgenliğini ve su tutma kapasitesini arttırır, havalanmasına yardımcı olur.
Biyokömürün gözenekli yapısı, içerisinde bulunan yüksek yüzey alanı, organik inorganik besinleri ve gazları emme kabiliyeti; aktinomisetler, bakteriler ve arbüsküler mikorizal funguslar gibi toprak için önemli mikroorganizmaların kolonileşmesi, büyümesi ve üremesi için uygun bir ortam hazırlar.
Biyokömür yüzeyindeki fonksiyonel gruplar, topraktaki katyonik faaliyetleri arttırır ve böylece toprak kalsiyum, magnezyum ve potasyum gibi besinleri tutar.
